Побочные эффекты кодирования встречаются редко, затрагивая не более 5% пациентов. Некоторые из них могут жаловаться на головные боли, повышенную раздражительность или чувство подавленности. В большинстве случаев эти симптомы проходят самостоятельно, однако при необходимости можно назначить небольшие дозы лекарственных средств для их облегчения. В редких ситуациях, если побочные эффекты становятся значительными, возможно снятие кодировки с последующим подбором другой методики лечения. Важно отметить, что современные подходы к лечению алкогольной зависимости предлагают множество альтернативных решений, что позволяет подобрать наиболее подходящий и безопасный вариант для каждого пациента.